Το Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου με έδρα την Πάτρα και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Δυτικής Ελλάδας είναι ελεγκτικός μηχανισμός της διοικητικής δράσης όλης της Περιφέρειας, ώστε να αποκαθίστανται διοικητικές και οργανωτικές δυσλειτουργίες. Οι αρμοδιότητες του Αυτοτελούς Τμήματος Εσωτερικού Ελέγχου αφορούν ιδίως:

1. την κατάρτιση προγράμματος τακτικών ελέγχων σε ετήσια ή εξαμηνιαία βάση, που ολοκληρώνεται τον Δεκέμβριο κάθε έτους, μέσα στους οποίους συμπεριλαμβάνονται και οι έλεγχοι παρακολούθησης ή επανέλεγχοι,
2. τη διαδικασία έγκρισης του προγράμματος από τον Περιφερειάρχη,
3. την κατάρτιση σχεδίου ελέγχου (χρονοδιάγραμμα, μεθοδολογία κτλ.),
4. την εκτέλεση του ελέγχου (τακτικό, ειδικό ή έκτακτο κατ' εντολή, παρακολούθησης),
5. τη σύνταξη και αξιολόγηση της προσωρινής έκθεσης και την διαβίβασή της  στους υπεύθυνους της λειτουργίας της ελεγχόμενης διαδικασίας κτλ. για την αποδοχή των προτάσεων και συστάσεων,
6. την οριστικοποίηση της έκθεσης,
7. την υποβολή της έκθεσης στον Περιφερειάρχη ή στην αρμόδια αρχή που διέταξε τον έλεγχο,
8. την αξιολόγηση της αποτελεσματικότητας των ενεργειών που πραγματοποιήθηκαν για τη μείωση κινδύνων και την εξέταση της αναγκαιότητας διενέργειας επανελέγχου,
9. τη σύνταξη του ετήσιου απολογισμού,
10. την εισήγηση για τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας του συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου,
11. την παροχή οποιαδήποτε, σχετικής με τους ελέγχους, πληροφορίας ζητηθεί εγγράφως από Εποπτικές ή γενικά Ελεγκτικές Αρχές.